Le fond des cours d'eau est peuplé de petits animaux qui vivent sur ou sous les cailloux, dans le sable ou les vases, fixés aux rochers ou encore accrochés aux feuilles ou aux tiges des végétaux aquatiques. Il s'agit de larves d'insectes, de mollusques ou de petits vers dont la présence est indispensable au bon équilibre de la rivière ; ils sont la ressource alimentaire de nombreux poissons.
L'altération de la qualité de l'eau ou du milieu naturel est susceptible de provoquer des modifications plus ou moins importantes de la faune : disparition des espèces sensibles ou très exigeantes, proliférations d'autres plus tolérantes. La composition du peuplement d'invertébrés constitue une image de la qualité globale du milieu (eau et habitats).
Crustacés